Τα όργανα ίδρυσης, οργάνωσης και λειτουργίας του ΔΠΜΣ είναι 5. Σε αυτά συγκαταλέγονται:
Η Σύγκλητος του ΠαΔΑ, από το οποίο προέρχεται το επισπεύδον Τμήμα, η οποία ορίζει ζητήματα ίδρυσης, λειτουργίας και κατάργησης του προγράμματος.
Η Επιτροπή Προγράμματος Σπουδών (ΕΠΣ) του ΔΠΜΣ, η οποία είναι αρμόδια για την οργάνωση, διοίκηση και διαχείριση του ΔΠΜΣ και ασκεί τις ίδιες αρμοδιότητες με αυτές της Συνέλευσης του Τμήματος σύμφωνα με την παράγραφο 3, άρθρο 81 του Ν.4957/2022. Η ΕΠΣ αποτελείται από 7 μέλη ΔΕΠ των συνεργαζόμενων Τμημάτων του ΠαΔΑ και του Πανεπιστημίου Πελοποννήσου και πιο συγκεκριμένα από 5 μέλη από το Τμήμα Δημόσιας και Κοινοτικής Υγείας και 2 μέλη από το Τμήμα Φιλολογίας. Συγκροτείται με απόφαση της Συγκλήτου του ΠαΔΑ.
Η Συντονιστική Επιτροπή (ΣΕ) του ΔΠΜΣ, η οποία είναι αρμόδια για την παρακολούθηση και τον συντονισμό της λειτουργίας του προγράμματος. Η ΣΕ αποτελείται από την/τον Διευθύντρια/ντη του ΔΠΜΣ και 4 μέλη ΔΕΠ της ΕΠΣ, που έχουν συναφές γνωστικό αντικείμενο με αυτό του ΔΠΜΣ και αναλαμβάνουν διδακτικό έργο στο ΔΠΜΣ. Η ΣΕ συγκροτείται με απόφαση της ΕΠΣ και έχει διετή θητεία.
Η/Ο Διευθύντρια/ντης του ΔΠΜΣ, κατά προτεραιότητα βαθμίδας Καθηγητή ή Αναπληρωτή Καθηγητή, ορίζεται με απόφαση της ΕΠΣ για διετή θητεία, με δυνατότητα ανανέωσης χωρίς περιορισμό, και είναι από το Τμήμα Δημόσιας και Κοινοτικής Υγείας. Η/Ο Διευθύντρια/ντης προεδρεύει των συνεδριάσεων της ΣΕ, εισηγείται θέματα οργάνωσης και λειτουργίας, είναι επιστημονικά υπεύθυνος του προγράμματος, παρακολουθεί την εφαρμογή αποφάσεων και προϋπολογισμού, και ασκεί επιπλέον αρμοδιότητες, όπως νόμος ορίζει.
Η Επιτροπή Μεταπτυχιακών Σπουδών των συνεργαζόμενων Ιδρυμάτων η οποία συγκροτείται σε κάθε ένα από αυτά με απόφαση της Συγκλήτου, κατόπιν πρότασης των Κοσμητειών των Σχολών του εκάστοτε Ιδρύματος. Η Επιτροπή αποτελείται από 1 μέλος ΔΕΠ από κάθε Σχολή του Ιδρύματος, 1 μέλος που προέρχεται από τις κατηγορίες μελών ΕΕΠ, ΕΔΙΠ και ΕΤΕΠ και τον Αντιπρύτανη, που είναι αρμόδιος για ακαδημαϊκά θέματα, ως Πρόεδρο. Τα μέλη της Επιτροπής έχουν εμπειρία στην οργάνωση και συμμετοχή σε προγράμματα σπουδών δεύτερου κύκλου σπουδών και αναλαμβάνουν διετή θητεία.